La Fame.
Le guerre di Religione in Francia (1561-1594) hanno effetti marginali sulle comunità valdesi, che soffrono invece per la fame, aggravata dall’arrivo dei profughi calabresi. Alle richieste di aiuto rispondono con donazioni l’Elettore Federico del palatinato Renano, il duca di Würtemberg, il cantone di Berna, la chiesa di Strasburgo, Ginevra ed altri dalla Francia, Svizzera e Germania.

Le Persecuzioni di Castocaro.
Il colonnello Castrocaro, nominato governatore ducale delle valli, prosegue le persecuzioni e gli arresti, alloggia truppe nelle vallate, erige la fortezza di Mirabouc ai piedi del colle di La Croix. Il capitano di giustizia Paride Provana è inviato con 60 arcieri a caccia di riformati nella valle di Luserna (1561). I valdesi ricorrono al duca di Nizza. Dopo la morte di Emanuele Filiberto di Savoia (30 VIII 1580) il figlio Carlo Emanuele I ordina l’arresto del governatore Castrocaro che si chiude nel castello di La Torre, è tradito dal capitano della sua guardia e muore nelle carceri di Torino.

Echi delle Guerre Europee.
La Francia è dilaniata dalle Guerre Ugonotte (1562-1598).
Carlo Emanuele I duca di Savoia toglie ai francesi il marchesato di Saluzzo (1588) e costringe i valdesi a riparare nelle vallate alpine, nel Delfinano e nella colonia di Ginevra.
Il duca di Savoia ottiene la nomina di duca di Provenza dalla Lega Cattolica fondata dalla famiglia Guisa (1590) ed invade la Provenza ma è respinto dall'ugonotto François de Lesdiguières governatore del Delfinato, che occupa Pinerolo, Cavour e le vallate Valdesi.
La Spagna interviene a fianco della Lega Cattolica (1590). La pace di Vervins (2 V 1598), firmata da Francia, Spagna Inghilterra e Provincie Unite, pongono fine al conflitto internazionale. Enrico IV di Borbone re di Francia sottomette gli ultimi nobili ed emette l’editto di Nantes (13 IV 1598), ponendo fine alle Guerre Ugonotte.
Dopo dieci anni di combattimenti sulle Alpi, Francia, Spagna e Savoia firmano il trattato di Lione (17 I 1601), che chiude la Guerra di Saluzzo: Carlo Emanuele ottiene il marchesato di Saluzzo, cede ad Enrico IV la Bresse, il Bugey, il Gex ed il Valsomey e si impegna a permettere il passaggio delle truppe spagnole verso la Franca Contea e le Fiandre.
L’Europa è impegnata nella Guerra dei Trentanni (1618-1648). La caduta di La Rochelle e la pace di Alès (1629) toglie ai protestanti francesi i privilegi politico-militari ottenuti con l’editto di Nantes.

La Peste.
Le vallate valdesi sono colpite da un’alluvione (23 VIII 1629). L’anno seguente un esercito francese guidato dal maresciallo Schomberg, per sfuggire alla peste che dilaga in Provenza, occupa le vallate valdesi (1630). La peste si diffonde nelle valli di Perosa e San Marino (estati 1630 e 1631) causando 8.500-9.000-10.000 vittime (da metà a 2/3 della popolazione), compresi 11 dei 13 pastori valdesi. Nuovi ministri sono chiamati da Ginevra, ma parlano solo francese che diviene la lingua ufficiale della chiesa valdese fino al XIX secolo e ne accentua l’isolamento. Il titolo barba è sostituito da quello di Monsier le Ministre.